In circa la metà delle persone infettate dal virus dopo circa 3-6 settimane dal contatto si verifica una sindrome similnucleosica, la quale è espressione della cosiddetta "infezione

acuta primaria" (o PHI: Primary HIV Infection), la prima fase dell'infezione da HIV, che spontaneamente regredisce e che è caratterizzata da: faringite, febbre, linfoadenopatia, astenia, cefalea, sonnolenza e rash cutaneo morbilliforme. Tali manifestazioni si accompagnano ad un'intensa viremia ed ad un forte aumento della proteina p24. In alcuni casi si sono verificate delle infezioni opportunistiche probabilmente a seguito di una diminuzione o disfunzione dei linfociti CD4. Si assiste ad un aumento dei CD4. Nel 10% dei casi il quadro immunologico non migliora.
A distanza di 1-3 mesi dall'infezione si può verificare una sieroconversione con comparsa di anticorpi contro gli antigeni virali. Questo fenomeno determina una diminuzione della carica virale. Il sistema immunitario non riesce ad eliminare completamente il virus dall'organismo.Successivamente il quadro della persona infetta tende a rimanere costante per un periodo assai variabile la cui mediana si aggira intorno ai 10 anni. Questo quadro viene definito di latenza clinica in quanto la persona non accusa altri sintomi o segni di malattia ma il cui sistema immunitario tende a declinare. Si è notato che la velocità di progressione è correlabile con la quota di RNA di HIV presente. Maggiore è la quota di RNA, più rapido è il passaggio ad uno stato sintomatico. Talvolta in questa fase si può generare una linfoadenopatia persistente.
La continua deplezione dei linfociti CD4 e la loro disfunzione causano la comparsa di malattie. Tra le più frequenti si ricordano:
Linfoadenopatia generalizzata,
Lesioni orali quali mughetto, leucoplachia ed ulcere aftose,
Herpes Zoster,
Trombocitopenia a causa sconosciuta ma di cui si sopetta un'azione diretta del virus sui megacariociti,
In questo stadio possono anche comparire lesioni neurologiche di vario tipo sia periferiche che centrali. A questi sintomi se ne possono accompagnare anche altri quali febbre, diarrea e dimagrimento che vanno sotto il nome di complesso correlato con l'AIDS.